Потенциал сотрудничества между Кыргызстаном и Азербайджаном определен двусторонней Межправительственной комиссией по экономическому и гуманитарному сотрудничеству. 

29-30 апреля 2012 г. в Бишкеке состоялось 1-ое заседание МПК между КР и АР.

8-11 сентября 2014 г. в Баку состоялось 2-ое заседание МПК между КР и АР. 

С учетом присоединения Кыргызстана к ЕАЭС, в основе экономического сотрудничества на среднесрочную перспективу видится целесообразность взаимодействия в области активизации взаимовыгодных связей в агропромышленном комплексе, транспортно-логистической сфере и в области туризма.

Основными критериями при определении перспективных направлений сотрудничества должны стать использование передовых технологий и опыта, обеспечение максимальной эффективности и степень готовности двусторонней нормативно-правовой базы.