В 2003 г. на 47-й сессии Генеральной конференции Международного агентства по атомной энергии (МАГАТЭ) Кыргызстан стал 137-м членом Организации.

Кыргызстан ратифицировал Соглашения с МАГАТЭ о применении гарантий в связи с Договором о нераспространении ядерного оружия (ДНЯО) 30 декабря 2003 г. и Дополнительный протокол 1 ноября 2011 г. Соглашение между Кыргызской Республикой и МАГАТЭ о применении гарантий в связи с Договором о нераспространении ядерного оружия было подписано в Вене 18 марта 1998 г. В соответствии со статьей 24 Соглашения о гарантиях оно вступило в силу 3 февраля 2004 г., в день, когда Агентство получило от Кыргызской Республики письменное уведомление о том, что законодательные и конституционные требования Кыргызстана, необходимые для вступления в силу, выполнены.

Согласно Постановления Правительства Кыргызской Республики от 2 декабря 2015 г. №817 «О повышении эффективности сотрудничества Кыргызской Республики с международными организациями, интеграционными объединениями и международными договорными органами» ГАООСЛХ при Правительстве Кыргызской Республики является координирующим органом по сотрудничеству с МАГАТЭ.

В соответствии со статьей 3 Закона Кыргызской Республики «О присоединении к Конвенции о физической защите ядерного материала» от 14 июля 2015 г. №155, центральным органом Кыргызской Республики, ответственным за физическую защиту ядерного материала определена Государственная инспекция по экологической и технической безопасности при Правительстве Кыргызской Республики.

          По оценке Министерства чрезвычайных ситуаций Кыргызской Республики, на территории республики находится 35 хвостохранилищ и 25 площадок с отвалами пустой породы, причем многие содержат токсичные остатки. Наибольшую опасность для окружающей среды представляет сейсмическая нестабильность, например оползни, которые могут рассеять данные остатки.

На полях 61-й сессии Генеральной конференции МАГАТЭ в сентябре 2017 г. странами Центральной Азии был подписан Стратегический Мастер-план по рекультивации площадок уранового наследия. Данный план разработан МАГАТЭ совместно с Европейским Банком Реконструкции и Развития (ЕБРР), Европейской комиссии (ЕК) и Российской Федерацией основывается на исследованиях наиболее приоритетных объектов в КР (Майлуу-Суу, Мин-Куш и Шекафтар).

В частности, решение проблем, связанных с объектами уранового наследия поможет Кыргызской Республике в выполнении Целей ООН по Устойчивому развитию, путем улучшения уровня жизни населения пострадавшего от данных объектов.

МАГАТЭ оказывает значительное содействие Кыргызской Республике в рамках технического сотрудничества, направленного на дальнейшую модернизацию национальной ядерной медицины, обеспечение ядерной и радиационной безопасности, а также решение экологических проблем хвостохранилищ в Кыргызской Республике.

По итогам визита Президента Кыргызской Республики А.Атамбаева в Индию в декабре 2016 г., в июне 2017 г. индийская сторона доставила в г.Бишкек аппарат лучевой терапии «Бабатрон-2» для лечения онкологических заболеваний, а в ближайшее время планируется доставка для работы аппарата источника радиационного излучения «СО-60».

20 апреля 2017 г. в Венском Международном Центре Постоянный представитель Кыргызской Республики при ООН и других международных организациях в Вене, Чрезвычайный и Полномочный Посол Кыргызской Республики Бакыт Джусупов вручил верительные грамоты Генеральному директору МАГАТЭ Юкия Амано.