В 1997 г. в г. Куала-Лумпур открыто Посольство КР. С 1995 по 2003 гг. двусторонние отношения развивались достаточно активно, свидетельством чему стали визиты официальных лиц обеих сторон самого высокого уровня, включая:

• в 1995 г. официальный визит Президента КР в Малайзию;
• в 1996 и 1997 гг. официальный и рабочий визиты Премьер-министра Малайзии в Кыргызстан;
• в 2000 г. официальный визит Премьер-министра КР в Малайзию;
• в 2002 г. визит Министра финансов КР в Малайзию;
• в 2002 г. рабочий визит Президента КР в Малайзию;
• в 2003 г. визит делегации ЖК КР для участия в Саммите ОИС;

Основные визиты в период с 2009 по 2018 гг.:

• в 2009 г. визит Министра экономического развития и торговли КР;
• 04.2009 г. официальный визит Спикера Парламента Малайзии в КР;
• 04.2011 г. визит Председателя Счетной палаты КР;
• 07.2011 г. официальный визит Спикера ЖК КР;
• 09.2012 г. рабочий визит экс Премьер-министра Малайзии М.Мохамада в КР;
• 01.2013 г. рабочий визит Первого вице-премьер-министра КР в Малайзию;
• 02.2013 г. визит депутатов ЖК КР в Малайзию;
• 08.2013 г. визит представителей ЖК и государственных органов КР;
• 01.2014 г. визит заместителя министра финансов КР;
• 17.02.2014 г. рабочий визит Министра иностранных дел КР Э.Абдылдаева в Малайзию;
• 6-8 августа 2014 г. официальный визит мэра г. Путраджайя Асех Че Мата в Бишкек;
• 8-10 сентября 2014 г. - официальный визит Министра иностранных дел Малайзии А.Амана в КР;
• 30 октября - 4 ноября 2014 г. - визит делегации мэрии г. Бишкек и Бишкекского городского кенеша во главе с первым вице-мэром З.Малабековым в Малайзию;
• 28 мая 2015 г. - в рамках участия делегации МИД КР в работе 42-сессии СМИД ОИС в Кувейте, организована встреча Министра иностранных дел КР Э.Абдылдаева с Главой МИД Малайзии А.Аманом;
• 11-12 июня 2015 года, Посольством организован визит журналистов ведущих СМИ Кыргызстана в Малайзию, с целью обмена и изучению опыта Малайзии в различных сферах, включая в сфере туризма;
• 24-29 июля 2015 года, делегация представителей СМИ Малайзии по приглашению Посольства КР в Малайзии посетила Бишкек;
• 29 июля 2015 г. Президент Кыргызстана Алмазбек Атамбаев дал интервью представителям ведущих СМИ Малайзии; 
• 3 декабря 2015 года, в рамках проекта ПРООН по изучению опыта Малайзии в сфере судебной реформы, была организована встреча делегации КР во главе с заместителем Торага ЖК КР Есенгуловой Б.У. со спикером Палаты Представителей Малайзии г-ном Тан Сри Датук Сери Панглима Пандикар Амин Хажи Мулиа;
• 6-7 марта 2016 г. ЧПП КР в Малайзии К.Султанов принял участие в Саммите ОИС по проблемам Палестины и Аль-Кудса;
• 20-26 июля 2016 г. Посольством организовано культурно-образовательное мероприятие в КР для учеников КР и Малайзии с участием малайзийских преподавателей английского языка;
• 27-28 февраля 2018 года Посольством организована встреча бизнес делегации КР во главе с депутатом ЖК КР А.Нурбавевым с Ассоциацией малых и средних предприятий Малайзии и с руководством Министерства образования Малайзии;  
• 10 апреля 2018 года Загранучреждением проработан визит и организована встреча малайзийской делегации, состоящей из девяти ведущих туристических компаний Малайзии с Департаментом туризма при МКИТ КР в Бишкеке;
• 25 мая 2018 года Посольством организована презентация в МАТРЕЙД по информированию руководства курирующего департамента об инвестиционных проектах КР;

В настоящее время прорабатывается вопрос проведения Первого заседания двусторонних консультаций (Bilateral Consultation Meeting) в четвертом квартале 2018 года в Кыргызской Республике. Стороны согласовали повестку дня и содержательную часть мероприятия.

В настоящее время, начата работа по оживлению кыргызско-малазийских отношений и вывода их на качественно новый уровень.