Дипломатические отношения между Кыргызской Республикой и Японией были установлены 26 января 1992 года. Посольство Кыргызской Республики в Японии было открыто в апреле 2004 г.

Первым Послом Кыргызской Республики в Японии был А.А. Кутанов (2004-2008).

26 января 2022 года отмечался 30-летний юбилей со дня установления дипломатических отношений между странами.

По этому случаю состоялся обмен поздравительными посланиями на уровне Глав Кыргызской Республики и Японии, Парламентов и внешнеполитических ведомств двух стран.

На сегодняшний день договорно-правовая база двух государств насчитывает 89 международных договоров и документов, из них 68 имеют статус международных межгосударственных и межправительственных договоров, 11 являются межведомственными договорами и 10 со статусом немеждународных договоров.

Важнейшими из Соглашений являются:

- Совместное заявление о дружбе и сотрудничестве от 27 октября 1998 года.

- Совместное заявление о новых отношениях дружбы, партнерства и сотрудничества между Кыргызской Республикой и Японией от 14 ноября 2007 года.

- Совместное заявление о дальнейшем углублении дружбы, партнерства и сотрудничества между Кыргызской Республикой и Японией от 27 февраля 2013 года.

- Совместная декларация о дружбе и всестороннем партнерстве в новую эпоху от 20 ноября 2023 года.

С момента установления дипломатических Япония рассматривается в качестве надежного, долгосрочного и дружественного партнера, который реализует пакет важных и стратегических для развития экономики КР проектов в рамках Японского агентства по международному сотрудничеству (JICA), оказывает чрезвычайную, необходимую и своевременную помощь по многим вопросам взаимодействия.

Проект «Одно село-один продукт» (ОСОП) показал самые успешные результаты, согласно Указа Президента Кыргызской Республики С.Жапарова, ему придан Национальный статус.

Проект стал моделью развития региональных проектов в странах Центральной Азии.

В частности, положительным результатом проекта ОСОП стало увеличение экспорта горного меда из Кыргызстана в торговые сети Японии.

Между двумя странами поддерживает регулярный обмен визитами на высшем и высоком уровнях.

Президент Кыргызской Республики посещал Японию 7 раз, Премьер-министр – 6, Торага Жогорку Кенеша КР – 1, Министр иностранных дел – 9.

В свою очередь, Премьер-министр Японии посетил Кыргызстан 1 раз, Министр иностранных дел Японии – 3, Парламентские делегации Японии – 6.

В период с 17 по 20 ноября 2023 года состоялся официальный визит Президента Кыргызской Республики С.Жапарова в Японию.

Основным итогом визита стало подписание Совместной декларацию о дружбе и всестороннем партнерстве в новую эпоху, которое заложило твердую основу для дальнейшего развития многоформатного двустороннего сотрудничества.

Основными направлениями развития внешнеполитической деятельности КР являются политическое, торгово-экономическое и культурно-гуманитарное взаимодействие с Японией.

Развивается и поддерживается межпарламентское сотрудничество, в рамках которого созданы и обмениваются визитами Межпарламентские Группы дружбы.

В декабре 2022 года, в рамках участия в 9-м СМИД Диалога, и по итогам встречи Министра иностранных дел КР Ж.Кулубаев с Министром иностранных дел Японии Е.Хаяси, была подписана Программа сотрудничества между Министерствами иностранных дел КР и Японии на период 2023-2025 годы.

В марте 2023 года в г. Бишкек прошли первые Политические консультации между Министерствами иностранных дел Кыргызской Республики и Японии.

КР и Япония активно сотрудничают в Диалоге «Центральная Азия-Япония», в рамках которого рассматриваются вопросы дальнейшего регионального развития сотрудничества в приоритетных направлениях.

В 2024 году Кыргызская Республика станет Председателем Диалога. В июле 2023 года состоялся Обмен Меморандумов о сотрудничестве между Японией и Кыргызской Республикой об основах информационного партнерства для надлежащего функционирования системы иностранных трудовых ресурсов со статусом проживания «определенный квалифицированный работник» и по созданию Двустороннего кредитного механизма (Joint Crediting Mechanism- JCM) между Правительством Японии и Кабинетом Министров Кыргызской Республики.

В рамках Программы JDS, Япония оказывает содействие в подготовке государственных служащих КР.

С 2007 года в японских ВУЗах повышают квалификацию молодые государственные служащие Кыргызстана.

За прошедшие более чем 30 лет сотрудничества между странами, в учебных центрах JICA, в различных японских ВУЗах обучение прошли тысячи специалистов из Кыргызстана.

18 марта 2000 года в Бишкеке был открыт Кыргызско-японский центр человеческого развития - платформа для сотрудничества многих организаций и людей в бизнесе, образовании, культуре, других сферах.

На постоянной основе ведется сотрудничество с частными компаниями Японии в различных сферах совместной деятельности.

Продолжается успешная совместная деятельность в рамках проектов Японского агентства по международному сотрудничеству (JICA). Установлены и развиваются связи с Японской организацией по сотрудничеству с Россией и странами СНГ (РОТОБО), Японской организацией по внешней торговле (JETRO), Японским банком по международному сотрудничеству (JBIC), другими компаниями и организациями.

Представители двух стран находят и развивают сотрудничество в таких сферах как информационные и новые технологии, энергетика, региональное сотрудничество, образование, многих других.

Важной составляющей двустороннего взаимодействия является сфера миграции. По данным Иммиграционной службы Японии на декабрь 2023 г. в Японии находилось 786 граждан Кыргызстана.