2003-жылы Атомдук энергия боюнча эл аралык агенттигинин (МАГАТЭнин) башкы жыйынынын 47-сессиясында, Кыргызстан Уюмунун 137-мүчөсү болуп калды.

2003-жылын 30-декабырында Кыргызстан Ядролук куралды жайылтпоо жөнүндө келишими менен жана 2011 жылы 1-ноябырында кошумча протоколго байланыштуу Коргоо чаралары боюнча макулдашууну бекитилди. 1998-жылы 18-мартында Кыргыз Республикасы

МАГАТЭ менен Коргоо чаралары боюнча Ядролук куралды жайылтпоо жөнүндө келишимин бекитти. Коргоо чаралары боюнча макулдашуунун 24-беренесине ылайык ал 2004-жылы 3-февралында күчүнө кирген. Ошол эле күнү Кыргыз Республикасы Агенттигине жазуу жүзүндөгү билдирүү алынган күнгө бул мыйзам чыгаруу жана күчүнө кириши үчүн зарыл болгон Кыргызстандын укуктук талаптарга жооп берилди.

2015-жылдын 2-декабрында кабыл алынган, Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнүн токтомуна ылайык №817 "Кыргыз Республикасынын эл аралык уюмдар, интеграциялык бирикмелер жана эл аралык келишимдик органдар менен кызматташуусунун натыйжалуулугун жогорулатуу жөнүндө" Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнө караштуу Курчап турган чөйрөнү коргоо жана токой чарбасы мамлекеттик агенттиги МАГАТЭ менен кызматташуу боюнча орган болуп саналат.

2015-жылдын 14-июлунда Кыргыз Республикасынын №155 Мыйзамынын «Ядролук материалдарды физикалык коргоо жөнүндө конвенцияга кошулуу тууралуу» 3-беренеси менен боюнча ядролук материалдардын физикалык коргоо үчүн жооптуу Кыргыз Республикасынын Экологиялык жана техникалык коопсуздук боюнча мамлекеттик комиссиянын Кыргыз Республикасынын борбордук органы болуп саналат.

Кыргыз Республикасынын Өзгөчө кырдаалдар министрлигинин маалыматы боюнча, республиканын аймагында 35 калдык сактоочу жана бош тек менен 25-сайттар жана көп уулуу калдыктарды камтыйт. Курчап турган чөйрө үчүн зор коркунуч бул калдыктарын тарап болот, мисалы, жер көчкү сыяктуу сейсмикалык жактан туруктуу эмес, билдирет.

2017-жылы МАГАТЭнин Жалпы жыйынынын 61-сессиясынын алкагында Борбордук Азия өлкөлөрү уран сайттардын жоюу боюнча стратегиялык башкы планына кол койду. Бул план МАГАТЭ жана Европа реконструкциялоо жана өнүктүрүү банкы, Европалык Коммиссиясы жана Россия Федерациясы менен иштелип чыккан, Кыргыз Республикасынын жогорку артыкчылык объектилеринде изилдөөнүн негизделген (Майлуу-Суу, Мин-Куш жана Шекафтар).

Атап айтканда, уран объектилерин менен байланышкан проблемаларды чечүү жабыр маалыматтар объектилеринин жашоо стандарттарын жакшыртуу боюнча БУУнун Туруктуу Өнүгүү Максаттарына ишке ашырууда Кыргыз Республикасына жардам берет.

МАГАТЭ Кыргыз Республикасында калдыктарды экологиялык проблемалар Кыргыз Республикасынын улуттук атомдук дары, ядролук жана кен калдыктары менен иштөөдө коопсуздукту андан ары өркүндөтүү боюнча техникалык кызматташуунун алкагында, ошондой эле чечим олуттуу жардам берет.

2016-жылы декабырында А.Атамбаев Кыргыз Республикасынын Президенттин Индияга иш сапарынын жыйынтыгы боюнча 2017-жылы июнь мезгилинде индия тарабы Бишкек шаарына "Бабатрон-2" нур-терапия аппаратын алып келди. Бул аппарат онкологиялык ооруларды дарылоо үчүн колдонулат. Жакынкы убакытта, Кыргызстанга нур булагы бирдиги аппараты "СО-60" жиберилинет.

20-апрелинде 2017-жылы Вена эл аралык борборунда Кыргыз Республикасынын ЕККУдагы Туруктуу өкүлү, Атайын жана Ыйгарым укуктуу Элчиси Джусупов Бакыт ишеним грамотасын Юкия Амано, МАГАТЭнин Генералдык директоруна тапшырды.