После обретения Независимости Кыргызской Республики, важными шагами на международной арене стали признания 15 января 1992 года Европейский Союзом независимости Кыргызской Республики, а 20 января того же года Королевство Бельгия последовала этому примеру. Нидерланды также были одним из первых государств ЕС, которые признали независимость Кыргызстана, сделав это 31 декабря 1991 года.

Дипломатические отношения между Кыргызской Республикой и Королевством Бельгия были установлены 25 марта 1992 года. 10 июня того же года были установлены дипломатические отношения между Кыргызской Республикой и Королевством Нидерландов.

Последующие годы также характеризовались активным развитием дипломатических связей Кыргызстана с европейскими странами. В целях укрепления двусторонних и многосторонних отношений с европейскими партнерами, Указом Президента Кыргызской Республики от 2 апреля 1993 года № 102 было образовано Посольство Кыргызской Республики в Королевстве Бельгия, что стало важным шагом в укреплении взаимопонимания и сотрудничества.

В 1994 году в городе Брюссель по улице Тембош 33 были открыты двери первого Посольства Кыргызской Республики. Затем, в 1997 году, Кыргызской Республикой были приобретены первые здания для загранучреждений Кыргызской Республики, в числе которых было и здание по улице Аббаи, 47 г. Брюссель, с общей площадью 534 квадратных метров, в качестве нового здания Посольства в Бельгии. Ранее здание принадлежало Австрийской миссии в Брюсселе.

С 1994 по 2022 годы ряд выдающихся личностей занимали должность Главы загранучреждения Кыргызской Республики в Бельгии. В этот период послами в странах Бенилюкс и Франции, а также постоянными представителями при Европейском союзе, НАТО и ЮНЕСКО были Чынгыз Айтматов (1994-2006 гг.), Жыргалбек Азылов (2008-2013 гг.), Асеин Исаев (2013-2019 гг.) и Муктар Джумалиев (2019-2022 гг.).

С декабря 2022 года по настоящее время должность Чрезвычайного и Полномочного Посла Кыргызской Республики в странах Бенилюкс, а также постоянного представителя при Европейском союзе и НАТО занимает Айдит Эркин, продолжая традицию высокого уровня дипломатических отношений между Кыргызстаном и европейскими партнерами.