Весьма важную роль в дальнейшем развитии двусторонних отношений должно сыграть сотрудничество в области науки, культуры и образования.

В 1996 г. первые 12 студентов из Кыргызстана были зачислены в Исламский Международный Университет (ИМУ). С сентября 1997 года Правительством Малайзии при содействии Фонда Аль Бухари выделена постоянная квота - 3 места для студентов Кыргызской Республики из малообеспеченных семей для обучения в ИМУ.

30 января - 1 февраля 2009 года состоялся визит в Кыргызскую Республику делегации Малазийского Университета Пэрлис Медицинского Колледжа Малайзии во главе с Правителем штата Перлис, Ректором Малазийского Университета штата Перлис, Его Королевским Высочеством Саидом Файзуддином ибни Сайед Сираджуддин Джамалуллаилом. По итогам визита были подписаны Меморандум о взаимопонимании между Кыргызским Государственным Техническим Университетом им.И.Раззакова и Малазийским Университетом Перлис и Меморандум о сотрудничестве между Кыргызской Государственной Медицинской Академией Кыргызской Республики и Медицинским Колледжем Малайзии.

Продолжается активное взаимодействие в рамках Малазийской программы технического сотрудничества, обучение на краткосрочных и курсах государственных служащих из разных министерств и ведомств Кыргызстана и долгосрочных курсах для кыргызских студентов.

В настоящий момент около 170 кыргызских студента обучаются в различных институтах и университетах Малайзии.