В 1997 г. была создана Совместная Специальная экономическая комиссия, которая с 1999 по 2009 гг. провела 6 заседаний.

По предложению Премьер-министра Малайзии М.Махатхира в 1996-1997 гг. малазийские и кыргызские эксперты провели совместное 2-х этапное исследование экономики КР, по итогам которой малазийская сторона представила свои рекомендации перспективного развития отраслей экономики Кыргызстана, в виде Отчета совместного экономического исследования по 11 приоритетным направлениям (Мастер-план).

11-15 марта 2009 года по приглашению Министра международной торговли и промышленности Малайзии Мухиддин Яссина состоялся визит в Малайзию Министра экономического развития и торговли Кыргызстана А.Жапарова. В ходе визита стороны успешно обсудили вопросы взаимодействия в области халал-индустрии и принципов исламского финансирвоания.

в ноябре 2010 года, при поддержке Посольства КР в Малайзии, четыре сотрудника Центрального банка Малайзии провели в Бишкеке недельный тренинг для сотрудников Национального банка КР по вопросам исламского финансирования. По информации сотрудников Нацбанка КР, проведенные курсы были полезны и прошли плодотворно.

4-8 апреля 2011 года делегация Счетной палаты (СП) КР во главе с председателем С.Молдокуловым, приняла участие в семинаре, организованной Национальным департаментом аудита Малайзии (НДАМ). Председателм СП были проведены встречи с руководством НДАМ, посещение одного из передовых территорриальных подразделений НДАМ в штате Селангор, визит в Академию аудита.

В настоящее время, в рамках инициативы малазийской стороны относительно проведения Первого заседания двусторонних консультаций в четвертом квартале 2018 года, Посольством одновременно прорабатывается вопрос организации Бизнес-форума между деловыми кругами двух стран в рамках указанного Заседания в Кыргызской Республике.

Также, Малайзия предоставляет на грантовой основе места в ВУЗах страны и тренинги в различных сферах для государственных служащих по линии Малазийской программы технического сотрудничества (MTCP)